曹操询问黄巾军解决对策，主角早有准备，轻松解决，启程回城内上任，获得很多民生经济知识。主角发现百姓被黄巾军挤压生存空间，于是提出更先进的生产方式，曹操大喜。世家大族暗流涌动，不满曹操和主角的政策改革，要搞事，煽动黄巾军和百姓对立，百姓和曹操对立，黄巾军和曹操对立。曹操再次面临危机，主角轻松解决，顺便瓦解部分世家，杀鸡儆猴，帮助曹操彻底坐稳兖州。随后主角改革冶铁工艺，帮助曹操练兵，创新战阵，经济民生军事得到巨大提升。主角帮助曹操拿下豫州州，各种人物开始登场，展开博弈，但最后主角谋略更胜一筹，不仅保住豫州，还借机拿下青州，曹操实力一跃成为第一。曹操名震天下，被人围攻，但主角出马，直接离间计，让对方反目成仇，曹操坐收渔翁之利，这时天下人才知道，不是曹操厉害，是曹操身边的主角厉害。主角再次获得系统奖励，谋划更强。此时袁绍顾忌曹操继续做大，于是联合徐州刘备，夹击曹操，曹操被偷袭，打败，直接丢失整个青州。三方展开大战，但即便是被偷袭，以一敌二，曹操势力任能处于优势，袁绍刘备大惊，不敢再放任曹操发育，全都用出全部实力。最后一切在主角考察矿产回来后瓦解，主角各种战术技法，全都碾压对 三国：这个军师不一般！
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